1993 - 2008
Formellt drog sig Honda ur Formel 1 efter säsongen 1992. Mellan 1993 och 2000 var det enbart som partner till Mugen. Fast både 1993 och 1999 byggdes det F1-bilar. Mellan 2000 och 2005 var man återigen motorleverantör, och mellan 2006 och 2008 även konstruktör.
RC100, 1993
När Honda drog sig ur F1 efter 1992 byggde några av utvecklingsingenjörerna en komplett bil runt 1992 års RA122E V12-motor. Eftersom Honda satsade på IndyCar lades projektet ned. Innan dess byggdes totalt tre bilar som bla testkördes på Suzuka av fabriksföraren Satoru Nakajima.
Mugen, 1993-2000
Mellan 1993 och 2000 var Mugen Motorsports motorleverantör till stall som Footwork, Lotus, Ligier, Prost och Jordan. Fastän Mugen är ett fristående företag, var det i praktiken ingenjörer från Honda som konstruerade och byggde motorerna. Totalt vann bilar med motorer från Mugen fyra lopp.
RA099, 1999
1998 funderade Honda seriöst på att återkomma till Formel 1 som konstruktör. Man konstruerade en ny motor och anställde den erfarne Harvey Postlethwaite som teknisk chef. Man använde även raceingenjören Kyle Petryshen från HRC för att hjälpa till med design, implementation och ledning av arbetet.
1999 byggde man testbilen RA099. Den ritades av Postlethwaite och byggdes av Dallara, samt testkördes av Jos Verstappen. Stallet imponerade vid de officiella testerna, där man var snabbare än flera stall som var mer erfarna och hade större budget.
Tyvärr fick Postlethwaite en dödlig hjärtattack under en av dessa tester, och satsningen stannade upp. Istället beslöt sig Honda för att "bara" bli officiell motorleverantör till BAR inför säsongen 2000.
Honda V10, 2000-2005
Honda levererade V10-motorn RA000E till BAR under säsongen 2000. 2001 och 2002 levererade man till både BAR och Jordan, RA001E resp RA002E. Fastän Jordan tog fler poäng än BAR, återgick man till att bara till BAR 2003-2005, RA003E, RA004E och RA005E. Alla var treliters V10-motorer.
Honda F1 Racing, 2006-2008
Efter att BAR lyckats komma på andraplats 2004 köpte Honda i november 2004 45% av BAR och i september 2005 köpte man resterande 55%. 2006 hette man fortfarande Lucky Strike, men 2007 och 2008 var namnet Honda Racing F1 Team. Förare var Jenson Button och Rubens Barrichello.
Inför 2006 ändrades reglerna som nu krävde en 2,4-liters V8 med 90 graders vinkel och Honda konstruerade RA806E. Honda var även motorleverantör till stallet Super Aguri 2006-2008, som hade Takuma Sato som försteförare.
Första året var mest framgångsrikt. Jensen Button lyckades vinna Ungerns GP med RA106 och Honda kom på en fjärdeplats i mästerskapet. För 2007 ritades RA107 som inte var lyckad, utan mest uppmärksammad för att den hade en bild av vår planet på karossen.
För att rätta till misstagen under 2007 byttes stora delar av teamet ut inför 2008 där Ferrari's tekniska chef Ross Brawn var mest uppmärksammad. Man hann dock inte rätta till allt, utan under sommaren 2008 började man istället satsa på 2009 års bil, när ett nytt reglemente började gälla.
Under den sista halvan av 2008 blåste en global ekonomisk kris över världen, och för att undvika röda siffror i bokslutet såldes stallet till sin tekniske chef, som grundade stallet Brawn GP istället. Ett klipp, eftersom Brawn GP vann mästerskapet 2009.